Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych nie reguluje przypadków, w jaki sposób korygować koszty uzyskania przychodów, jeżeli podatnik dokonał zakupu materiału np. w 2012 r., a w 2013 r. otrzymał dokument – notę uznaniową zmniejszającą cenę zakupu. Obecnie zdaniem organów podatkowych, bez względu na to, czy poniesiony koszt ma charakter kosztu bezpośredniego, czy pośredniego oraz niezależnie od przyczyny wystawienia faktury korygującej, korekta kosztów uzyskania przychodów powinna zawsze zostać dokonana w okresie rozliczeniowym, w którym ujęte zostały koszty wynikające z faktury pierwotnej. Taki wniosek wypływa z interpretacji indywidualnej Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z dnia 8 maja 2012 r., nr IPTPB3/423-70/12-2/MF, w której organ podatkowy stwierdza: „Faktura korygująca nie dokumentuje odrębnego, niezależnego zdarzenia gospodarczego, lecz odnosi się ściśle do stanu zaistniałego w przeszłości. Punktem odniesienia do faktury korygującej jest zatem faktura pierwotna. Przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie określają szczególnych zasad dokonywania korekt kosztów uzyskania przychodów. Zatem, bez względu na to czy poniesiony koszt ma charakter kosztu bezpośredniego, czy też kosztu pośredniego, wystawiona faktura korygująca nie zmienia momentu poniesienia i potrącenia kosztu, a jedynie jego wysokość. W konsekwencji, faktury korygujące koszty uzyskania przychodu bezpośrednio związane z przychodami winny być odniesione do roku, w którym ujęto faktury pierwotne. Wobec powyższego, należy zgodzić się ze stanowiskiem Wnioskodawcy, iż mając wiedzę na temat przyznanych rabatów, powinien On kwotę udzielonego rabatu ująć na podstawie dowodu wewnętrznego »polecenie księgowania«, wystawionego w oparciu o udokumentowane informacje od kontrahentów, w księgach roku, w którym nastąpił przychód. Tym samym Wnioskodawca zmniejszy koszt sprzedanych towarów (koszt własny), zwiększając podstawę opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych”.
Prezentowana w ostatnim czasie linia interpretacyjna organów podatkowych nie zawsze jest akceptowana przez sądy administracyjne. Przykładem jest wyrok NSA z dnia 26 lutego 2013 r., sygn. akt II FSK 1298/11 (orzeczenie prawomocne). Zdaniem NSA koszty bezpośrednie dotyczące przychodów danego roku podatkowego, ale poniesione przez podatnika po sporządzeniu sprawozdania finansowego za ten rok, muszą zostać przypisane do kosztów podatkowych następnego okresu rozliczeniowego. Autor podziela pogląd o bieżącym rozpoznawaniu skutków otrzymania dokumentów korygujących (np. faktur korygujących) bądź not uznaniowych.
