W przypadkach odpłatnego nabycia wartość początkową stanowi cena jego nabycia, za którą uważa się kwotę należną zbywcy, powiększoną o koszty związane z zakupem naliczone do dnia przekazania do używania, pomniejszoną o podatek od towarów i usług, jeżeli podlega on odliczeniu (art. 16g ust. 3 w zw. z art. 16g ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych). W tym zakresie wyrażane są, w tym przez organy podatkowe dwa poglądy.
Zgodnie z pierwszym, wartość początkową powinna stanowić wartość pierwszej opłaty pierwszej powiększona o inne koszty związane z jego nabyciem, jak np. opłaty notarialne. Należy bowiem przyjąć, że pierwsza opłata stanowi cenę zakupu tego prawa, czyli element wydatków na jego nabycie. Zatem pierwsza opłata wraz z kosztami zakupu nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów do czasu zbycia takiego prawa. Taki pogląd wyraził Minister Finansów w interpretacji indywidualnej z dnia 6 maja 2010 r., nr ITPB1/415-147/10/PSZ:
„(…) Należy uznać, że pierwsza opłata za oddanie nieruchomości jest wydatkiem na nabycie tego prawa. Bez jej uiszczenia nie jest możliwe oddanie nieruchomości w użytkowanie wieczyste, a zatem prawo to nie powstaje. Na charakter pierwszej opłaty – jako wydatku na nabycie prawa – wskazuje również jej wysokość, która wynosi od 15% do 25% ceny nieruchomości gruntowej. (…)
Wobec powyższego, wykorzystywane na potrzeby działalności gospodarczej prawo użytkowania wieczystego podlega wpisowi do ewidencji środków trwałych. Wydatki na jego nabycie nie stanowią jednak kosztów uzyskania przychodów ani w momencie zakupu i oddania do używania, ani poprzez odpisy amortyzacyjne. Przy czym, do ewidencji środków trwałych prawo użytkowania wieczystego wprowadza się wg ceny nabycia ustalonej zgodnie z (…) art. 22g ust. 3 (…) ustawy (o PDOF – przyp. red.). (…)”
W tym zakresie można także spotkać pogląd, zgodnie z którym wartość początkową nabywanego prawa przyjmuje się jedynie koszty jego zakupu, do których zalicza się m.in. opłaty notarialne, natomiast pierwsza opłata zaliczana jest bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. a) powołanej ustawy jako bieżąca opłata dotycząca użytkowania wieczystego. Potwierdził to m.in. Minister Finansów w interpretacji indywidualnej z dnia 26 lutego 2010 r., nr IBPBI/2/423-1481/09/AP:
„(…) wydatki ponoszone na zapłatę opłat za wieczyste użytkowanie gruntu (chodzi tu zarówno o stanowiącą 25% wartości gruntu pierwszą opłatę, jak i kolejne – przyp. red.) nie zostały wymienione w negatywnym katalogu kosztów zawartym w art. 16 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Wydatki te mają charakter kosztów ogólnych, związanych z prowadzoną działalnością gospodarczą. Wydatki te nie są ponoszone w celu wytworzenia środka trwałego, ale w związku z posiadaniem gruntu. Wydatki ponoszone na zapłatę opłat za użytkowanie wieczyste, jako koszty ogólne Spółki, czyli – inne niż koszty bezpośrednio związane z przychodami, stanowią koszty pośrednie, które zgodnie z art. 15 ust. 4d ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, są potrącalne w dacie ich poniesienia. (…)”