W przypadku gdy umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania, przy ustalaniu zysków zakładu dopuszczają odliczanie nakładów ponoszonych na rzecz tego zakładu, włącznie z kosztami zarządzania i ogólnymi kosztami administracyjnymi, niezależnie od tego, czy powstały w tym państwie, w którym zakład jest położony, czy gdzie indziej koszty pośrednie, które dotyczą zarówno zysków podmiotu na terytorium kraju oraz na terytorium innego państwa członkowskiego, można alokować np. w oparciu o klucz przychodowy. Proporcję taką należy ustalić poprzez ustalenie udziału przychodów osiąganych przez podmiot w danym kraju (np. terytorium Republiki Czeskiej) w sumie wszystkich przychodów podmiotu. Jeżeli podatnik ponosi koszty uzyskania przychodów ze źródeł, z których dochód podlega opodatkowaniu, oraz koszty związane z przychodami z innych źródeł, a nie jest możliwe ustalenie kosztów uzyskania przypadających na poszczególne źródła, koszty te ustala się w takim stosunku, w jakim pozostają przychody z tych źródeł w ogólnej kwocie przychodów. Zasadę, o której mowa powyżej stosuje się również w przypadku, gdy część dochodów z tego samego źródła przychodów podlega opodatkowaniu, a część jest wolna od opodatkowania.
Zgodnie z § 3 pkt 10 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów pojęciem przedsiębiorstwa wielozakładowego objęta jest działalność prowadzona w oparciu o kilka zespołów składników materialnych i niematerialnych, jakimi są w szczególności sklepy, zakłady, punkty usługowe, przeznaczone do realizacji określonych zadań gospodarczych. Zgodnie z § 19 ust. 2 tego rozporządzenia zapisów w księdze dokonuje się raz dziennie po zakończeniu dnia, nie później niż przed rozpoczęciem działalności w dniu następnym z zastrzeżeniem § 20 ust. 2 i 3 oraz § 30. Natomiast w myśl § 30 ust. 2 rozporządzenia do podmiotów wielozakładowych odpowiednie zastosowanie ma zasada, o której mowa w ust. 1 tego przepisu. Zasada ta dotyczy możliwości uzupełniania zapisów księgi w czasie zapewniającym prawidłowe i terminowe rozliczenia z budżetem, lecz nie później niż do 20 każdego miesiąca za miesiąc poprzedni. Omawiany przepis reguluje sposób prowadzenia księgi w razie prowadzenia jej przez biuro rachunkowe. Powyższa regulacja znajduje odpowiednie zastosowanie w przypadku działalności prowadzonej w związku ze spełnianiem warunków do uznania jej za podmiot wielozakładowy.
W związku z powyższym wpisu kosztów zarządzania i administracyjnych do księgi można dokonywać na koniec każdego miesiąca po ustaleniu proporcji sprzedaży na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej do sprzedaży całkowitej. Następnie zgodnie z tą proporcją należy odpowiednio przyporządkować koszty zarządzania i ogólne koszty administracyjne dotyczące działalności na terytorium Rzeczpospolitej. Powyższe koszty należy ująć w kolumnie 13 – „wynagrodzenia w gotówce i w naturze”.
Należy nadmienić, że zgodnie z § 30 ust. 3 podatnik może dokonywać zapisów do księgi w sposób określony powyżej pod warunkiem prowadzenia równocześnie ewidencji sprzedaży, chyba że dokonuje sprzedaży dokumentowanej wyłącznie fakturami. Nadto w przypadku prowadzenia przedsiębiorstwa wielozakładowego księgi muszą znajdować się w każdym zakładzie. Podatnik może prowadzić jedną księgę w miejscu wskazanym jako siedziba pod warunkiem, że w poszczególnych zakładach jest prowadzona co najmniej ewidencja sprzedaży.
