Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1. Kwestią wątpliwą jest czy podatnik ma prawo do zaliczenia w koszty uzyskania przychodów wydatek z tytułu faktury, której wysokość kwestionuje.
Art. 15 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie reguluje zasad dokumentowania wydatków. Jak wskazał NSA w wyroku z dnia 14 października 2010 r. (sygn. II FSK 980/09) „sama wadliwość dowodów księgowych nie przesądza jeszcze, iż opisany w nich wydatek nie został poniesiony, jednak wówczas, gdy stwierdzi się wadliwość dowodów księgowych, dla zaliczenia go do kosztu uzyskania przychodu niezbędne jest wykazanie faktu poniesienia wydatku, jego wysokości, stron uczestniczących w transakcji, związku wydatku z przychodem, a także tego na czyją rzecz został on poniesiony”.
Podobnie uznał WSA w Gdańsku w wyroku z dnia 5 lutego 2009 r.(sygn. I SA/Gd 771/08) stwierdzając, że zaksięgowanie wydatku w oparciu o wadliwy dowód księgowy samo w sobie nie daje podstaw do uznania, że poniesienie wydatku nie miało miejsca.
Należy również wskazać na wyrok WSA w Łodzi z dnia 12 września 2012 r.(I SA/Łd 686/12 – orzeczenie nieprawomocne). Wyrok ten został wydany na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych i dotyczy nierzetelności faktur (stwierdza czynności, które nie zostały wykonane). Jak wskazał WSA w Łodzi „zgodnie z art. 24b u.p.d.o.f., jeśli ustalenie dochodu/straty w sposób przewidziany w art. 24 i art. 24a nie jest możliwe, dochód/stratę ustala się w drodze oszacowania. W zakresie skutków nierzetelności dowodów źródłowych, regulacje zawarte w u.p.d.o.f. (oraz ustawie z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych – tekst jedn. Dz. U z 2011, Nr 74, poz. 397 z późn. zm. – art. 9 ust. 2) w sposób istotny różnią się od regulacji zawartych w ustawie o VAT. W tej ostatniej, na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a), dotychczas powszechnie przyjmowany był pogląd, że faktura w której w sposób sprzeczny z rzeczywistością określono strony transakcji (najczęściej wystawcę faktury, który w rzeczywistości nie był sprzedawcą towaru) – stwierdza czynność/czynności, które nie zostały dokonane, co powoduje bezwarunkową utratę przez podatnika prawa do obniżenia podatku należnego (zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego). Ustawy dotyczące podatków dochodowych nie zawierają przepisów o takim charakterze, co pozwala przyjąć, że nierzetelność faktur nie wywołuje skutków podobnych do opisanych w art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT. Zdaniem Sądu potwierdzeniem tego jest właśnie art. 24b u.p.d.o.f. ”
Podsumowując na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych podatnik może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów wydatek udokumentowany fakturą, której wysokość kwestionuje. Pomimo braku ograniczeń w tej ustawie analogicznych jak na gruncie ustawy o podatku od towarów i usług, zdaniem autora, podatnik może jednak zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów wydatek tylko do wysokości niespornej – prawidłowej (a nie w całości).
