W praktyce powstał problem, czy istnieje możliwość rozliczenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym po likwidacji spółki cywilnej, jeżeli rozliczenie to dotyczy okresu, w którym spółka prowadziła działalność gospodarczą. Na ten temat wypowiedział się NSA, który w wyroku z dnia 13 października 2011 r. uznał, że dla potrzeb wykreowania obowiązku zapłaty podatku od towarów i usług z tytułu likwidacji działalności gospodarczej przyjmuje się, że spółka cywilna pomimo jej formalnej likwidacji zachowuje status podatnika, w stosunku do zobowiązań powstałych w czasie, gdy spółka cywilna była czynnym podatnikiem podatku. Z powyższego per analogiam Sąd wywnioskował, że należy dopuścić możliwość rozliczenia podatku od towarów i usług w zakresie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, za okres prowadzonej przez spółkę cywilną działalności gospodarczej. Podobny pogląd wyraził NSA m.in. w wyroku z dnia 22 stycznia 2010 r. (I FSK 1836/08).