Zgodnie z art. 42 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 kwietnia 2013 r. wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów podlega opodatkowaniu według stawki podatku 0%, pod warunkiem że:
- podatnik dokonał dostawy na rzecz nabywcy posiadającego właściwy i ważny numer identyfikacyjny dla transakcji wewnątrzwspólnotowych, nadany przez państwo członkowskie właściwe dla nabywcy, zawierający dwuliterowy kod stosowany dla podatku od wartości dodanej;
- podatnik przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, posiada w swojej dokumentacji dowody, że towary będące przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy zostały wywiezione z terytorium kraju i dostarczone do nabywcy na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju;
- podatnik składając deklarację podatkową, w której wykazuje tę dostawę towarów, jest zarejestrowany jako podatnik VAT UE.
Gdy podatnik przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy nie posiada w swojej dokumentacji dowody, że towary będące przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy zostały wywiezione z terytorium kraju i dostarczone do nabywcy na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju to za:
- okres kwartalny – podatnik nie wykazuje tej dostawy w ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3, za ten okres; podatnik wykazuje tę dostawę w ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3, za następny okres rozliczeniowy ze stawką właściwą dla dostawy danego towaru na terytorium kraju, jeżeli przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za ten następny okres rozliczeniowy nie posiada dowodów, o których mowa w ust. 1 pkt 2;
- okres miesięczny – podatnik nie wykazuje tej dostawy w ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3, za ten okres; podatnik wykazuje tę dostawę w ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3, za kolejny po następnym okresie rozliczeniowym okres rozliczeniowy ze stawką właściwą dla dostawy danego towaru na terytorium kraju, jeżeli przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatnik za ten kolejny po następnym okresie rozliczeniowym okres rozliczeniowy nie posiada dowodów, o których mowa w ust. 1 pkt 2.
W przypadku braku wymaganych dokumentów – gdy brak jest dowodów, że towary będące przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy zostały wywiezione z terytorium kraju i dostarczone do nabywcy na terytorium innego państwa członkowskiego – podatnik jest obowiązany do wykazania tej dostawy w ewidencji za następny okres rozliczeniowy ze stawką właściwą dla dostawy danego towaru na terytorium kraju, a w konsekwencji jest również zobligowany do rozpoznania kwoty podatku należnego według stawek krajowych i wykazania tej kwoty w deklaracji podatkowej za ten okres.
Takie stanowisko zostało zajęte w dwóch uchwałach NSA z dnia 21 października 2013 r. (sygn. I FPS 4/13 oraz I FSP 5/13). NSA stwierdził, że „w świetle obowiązujących do dnia 30 listopada 2008 r. oraz od dnia 1 grudnia 2008 r. przepisów art. 42 ust. 12, ust. 12a i ust 13 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. nr 54, poz. 535 ze zm.) podatnik podatku od towarów i usług, który dokona wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, lecz nie posiada jeszcze wszystkich wymaganych dowodów potwierdzających dostarczenie towarów do nabywcy, ma obowiązek wykazania dostawy towarów ze stawką krajową w ewidencji i wykazania kwoty podatku w deklaracji podatkowej.”.
Zgodnie ze wskazówkami w uchwale w takiej sytuacji otrzymaną od zagranicznego kontrahenta należność trzeba uznać za cenę brutto – która zawiera już podatek od towarów i usług – wobec czego podatek należny z tytułu tej transakcji winien być obliczony przez zastosowanie metody „w stu”. W przypadku powstania prawa do dokonania korekty na podstawie art. 42 ust. 12a ustawy o podatku od towarów i usług, podatnik według tej samej zasady winien dokonać korekty podatku należnego. Tylko gdyby podatnik wykazał, że umówiona cena jest ceną netto, wówczas podatek należałoby ustalić metodą „od stu” i według tej samej zasady dokonać późniejszej korekty podatku należnego.
