Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług, w okresie od dnia 1 maja 2004 r. do dnia 31 grudnia 2010 r. zwolnieniu od podatku od towarów i usług podlegało świadczenie usług w zakresie edukacji. W okresie tym zwolnieniem od podatku od towarów i usług objęte były świadczenia wszystkich usług edukacyjnych, a więc także szkolenie dorosłych oraz inne formy kształcenia. W związku z wejściem w życie przepisów ustawy z dnia 29 października 2010 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług, od dnia 1 stycznia 2011 r. nastąpiła zmiana stanu prawnego. Do art. 43 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. dodano punkty 26-29 regulujące zwolnienie od podatku działalności edukacyjnej. Polski ustawodawca wadliwie implementował przepisy prawa unijnego w zakresie zwolnień, w tym przepisy dotyczące usług edukacyjnych. Na podstawie art. 132 ust. 1 lit. (i) Dyrektywy 112 zwolnieniu podlegają podmioty prawa publicznego lub inne instytucje pod warunkiem, że zajmują się kształceniem dzieci lub młodzieży, kształceniem powszechnym lub wyższym, kształceniem zawodowym lub przekwalifikowaniem. Zatem wprowadzone przez polskiego ustawodawcę zwolnienie dla wszystkich usług w zakresie edukacji o symbolu PKWiU ex 80 było w sprzeczności z unormowaniami zawartymi w dyrektywach UE. Tożsamy pogląd wyraził WSA w Gorzowie Wielkopolskim w wyroku z dnia 19 września 2012 r. (I SA/Go 544/12).
Od tego rozstrzygnięcia została wniesiona skarga kasacyjna, na skutek czego NSA w dniu 29 listopada 2013 r. (I FSK 1763/12) uchylił zaskarżony wyrok w części i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania przez WSA. WSA w Gorzowie Wielkopolskim doszedł do przekonania, że poprzez uznanie zakupu towarów i usług związanych ze świadczonymi usługami szkoleniowymi za dające prawo do odliczenia podatku naliczonego na skutek objęcia ich zwolnieniem jest możliwe powoływania się przez podatnika bezpośrednio na przepisy Dyrektywy 112. Skorzystanie z tego prawa nie oznacza jednocześnie obowiązku wykazania podatku należnego od (niesłusznie zwolnionej) sprzedaży. Z tego rodzaju rozstrzygnięciem nie zgodził się NSA i wskazał, że w rozpatrywanej sprawie zasadnicze znaczenie ma wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 28 listopada 2013 r. (w sprawie C-319/12 dot. Akademia Biznesu sp. k.). Orzeczenie to zapadło na skutek pytania prejudycjalnego złożonego przez NSA postanowieniem z dnia 27 kwietnia 2012 r. Pytanie, z którym zwrócił się NSA, brzmiało: „czy ze względu na niezgodność zwolnienia z przepisami Dyrektywy 112 podatnik na podstawie art. 168 tej dyrektywy będzie uprawniony jednocześnie do stosowania zwolnienia od podatku oraz korzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego?”. Trybunał doszedł do przekonania, że na podstawie art. 168 Dyrektywy 112 lub transponującego go przepisu krajowego podatnik nie może powoływać się na prawo do odliczenia, jeżeli ze względu na zwolnienie przewidziane przez prawo krajowe z naruszeniem art. 132 ust. 1 lit. i) tej dyrektywy świadczone przez niego usługi są zwolnione od opodatkowania. Jednakże podatnik ten może powołać się na niezgodność wskazanego zwolnienia z art. 132 ust. 1 lit. i) Dyrektywy 112, aby nie zostało ono wobec niego zastosowane, jeżeli rzeczony podatnik nie może być obiektywnie uważany za podmiot o celach podobnych do celów podmiotu edukacyjnego prawa publicznego w rozumieniu owego przepisu, czego zbadanie należy do sądu krajowego i w takiej sytuacji usługi edukacyjne świadczone przez rzeczonego podatnika zostaną opodatkowane, a zatem będzie on mógł skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego. Jednakże nie jest możliwe przyjęcie, że jeżeli zwolnienie przewidziane przez prawo krajowe jest niezgodne z Dyrektywą 112, to podatnik korzystając z tego zwolnienia, może jednocześnie powoływać się na prawo do odliczenia.
