Od momentu uznania bieżącego rachunku bankowego podatnika podatku dochodowego od osób prawnych środkami pieniężnymi stanowiącymi dotację wolna od podatku, każdy wydatek kosztowy dokonywany jest również ze środków pomocowych wolnych od podatku. W tym przypadku nie można obiektywnie wskazać, w jakiej części i które wydatki lub koszty zostały sfinansowane środkami pomocowymi. Fakt, iż nie można stwierdzić, w jakim stopniu osiągnięty przychód lub dochód zwolniony od podatku przyczynił się do pokrycia wydatku, nie przeczy temu, że wydatek taki w pewnej, choć nieokreślonej części został bezpośrednio finansowany z przychodu (dochodu) zwolnionego od podatku. W tym jednak przypadku zastosowanie znajduje regulacja prawna zawarta w art. 15 ust. 2 i ust. 2a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. NSA w wyroku z dnia 11 grudnia 2013 r. (II FSK 232/12) wskazał, że „Spółka nie wyodrębniła w żaden inny sposób wydatków i kosztów bezpośrednio finansowanych z środków pomocowych. Wskutek tego niemożliwym stało się dokonanie rozdziału wydatków i kosztów, które zostały sfinansowane ze środków pomocowych, od pozyskanych z innego źródła. Tym samym zasadnie Sąd pierwszej instancji zaaprobował stanowisko organów, że na finansowanie bieżących wydatków i kosztów spółka przeznaczyła całą kwotę 339.255.748,05 zł, a nie tylko wykazaną w zeznaniu kwotę 58.975.378,34 zł. Spór zatem odnosi się do kwoty stanowiącej różnicę między wymienionymi sumami, tj. kwoty 280.280.369,71 zł. Zgodzić należy się też ze stanowiskiem WSA w Bydgoszczy, że z momentem przelania środków pomocowych na rachunki bieżące, na które wpływały także środki z innych źródeł (w tym z działalności gospodarczej), dokonywane następnie z tych środków wydatki i koszty były finansowane bezpośrednio z wszystkich środków, w tym z środków pomocowych. Wraz z przelaniem środków pomocowych na rachunki bieżące utraciły one bowiem swoją odrębność, ale nadal były środkami pomocowymi.”
