Nieprawidłowość prowadzenia ksiąg może objawiać się w nierzetelnym prowadzeniu ksiąg, co oznacza, że księgi nie będą zgodne z rzeczywistymi zdarzeniami gospodarczymi. Dzieje się tak w następujących sytuacjach:

• księga zawiera wpis o zdarzeniu, które nie zaistniało,
• księga nie zawiera wpisu o zdarzeniu, które zaistniało,
• księga podaje wielkości odmienne od zaistniałych w rzeczywistym zdarzeniu.

Drugim przypadkiem nieprawidłowego prowadzenia ksiąg , jest wadliwe prowadzenie księgi, czyli niezgodnie z przepisami wynikającymi z ustawy o rachunkowości lub z rozporządzenia w sprawie podatkowej księgi przychodów i rozchodów. W myśl art. 193 Ordynacji podatkowej nierzetelność bądź wadliwość księgi prowadzi do nieuznania jej za dowód w postępowaniu podatkowym. Natomiast zgodnie w art. 61 kodeksu karnego skarbowego, ustawodawca przewiduje grzywnę za nieprawidłowe  prowadzenie ksiąg podatkowych. Wadliwe prowadzenie ksiąg traktowane jest jako wykroczenie skarbowe, za które grozi grzywna od 160 do 32 000 zł. W przypadku nierzetelnego prowadzenia ksiąg, podatnik odpowiada za przestępstwo i grozi mu kara do 240 stawek dziennych (od 534 do ponad 5 000 000 zł). Zgodnie jednak z art. 61 § 2 kodeksu karnego skarbowego, nierzetelne prowadzenie ksiąg może zostać uznane za „wypadek mniejszej wagi” i zostać potraktowane jako wykroczenie skarbowe.