Jeżeli zbywca nie wyodrębni ceny sprzedaży budynków i prawa wieczystego użytkowania gruntu (gruntu), to nabywca obowiązany jest z łącznej ceny nabycia określonej w akcie notarialnym za całą nieruchomość należy wyodrębnić ceny nabycia poszczególnych składników wchodzących w skład nieruchomości. Ceny nabycia gruntu i budynku spółka powinna ustalić we własnym zakresie w taki sposób, aby suma cen nabycia tych składników była równa łącznej kwocie określonej w akcie notarialnym. Ustalając samodzielnie wartość początkową, można skorzystać z wyceny rzeczoznawcy majątkowego.

Wartość nieruchomości z operatu szacunkowego może różnić się od ceny zapłaconej sprzedającemu. W takiej sytuacji, aby wyliczyć wartości początkowe, należy skorzystać z proporcji. Na podstawie udziału wartości poszczególnych składników w oszacowanej cenie można ustalić proporcjonalnie cenę nabycia poszczególnych środków trwałych. Wartość nieruchomości według operatu szacunkowego ma w tym przypadku wyłącznie charakter informacyjny.