Zgodnie z art. 33 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podatnicy są obowiązani do obliczenia i wykazania w zgłoszeniu celnym kwoty podatku, z uwzględnieniem obowiązujących stawek. W myśl natomiast art. 86 ust. 2 pkt 2 lit. a) tej ustawy kwotę podatku naliczonego, w przypadku importu towarów, stanowi kwota podatku wynikająca z otrzymanego dokumentu celnego. Zatem w przypadku importu towarów podatnik dokonuje obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanego dokumentu celnego.
Należy jednak wskazać, że zgodnie z art. 33 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli organ celny stwierdzi, że w zgłoszeniu celnym kwota podatku została wykazana nieprawidłowo, naczelnik urzędu celnego wydaje decyzję określającą podatek w prawidłowej wysokości. Naczelnik urzędu celnego może określić kwotę podatku w decyzji dotyczącej należności celnych. W takim przypadku podatnik jest obowiązany zapłacić różnicę między podatkiem wynikającym z decyzji naczelnika urzędu celnego a podatkiem pobranym przez ten organ w terminie 10 dni, licząc od dnia doręczenia tych decyzji. Zgodnie z art. 40 tej ustawy, w przypadku gdy kwota podatku została nadpłacona, podatnikowi nie przysługuje zwrot nadpłaconego podatku, jeżeli kwota nadpłaconego podatku w imporcie podatku pomniejszyła kwotę podatku należnego.
Z powołanych przepisów wynika, że w przypadku, gdy wskutek decyzji naczelnika urzędu celnego kwota podatku z tytułu importu towarów zostanie zmniejszona, istnieją dwa wykluczające się warianty. Jeżeli podatnik przed dokonaniem odliczenia podatku naliczonego otrzymał decyzję naczelnika urzędu celnego określającą podatek w prawidłowej wysokości, wówczas przysługuje mu zwrot nadpłaconego podatku. Podobnie uznał Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z dnia 13 lipca 2011 r. (ITPP2/443-654/11/AK), stwierdzając, że w takim przypadku podatnik ma możliwość odzyskania nadpłaconego podatku od towarów i usług w wysokości różnicy pomiędzy pierwotnie zapłaconym podatkiem wynikającym z otrzymanego dokumentu celnego a podatkiem tym określonym w decyzji naczelnika urzędu skarbowego. Mechanizm ten powoduje, że podatek od towarów i usług będzie miał dla podatnika charakter neutralny.
Natomiast jeżeli podatnik dokonał odliczenia podatku naliczonego wynikającego z dokumentu celnego, a następnie otrzymał decyzję naczelnika urzędu celnego określającą podatek w prawidłowej wysokości, wówczas – zdaniem Organu – podatnik nie dokonuje korekty podatku naliczonego i jednocześnie nie przysługuje mu zwrot nadpłaconego podatku. Podatek od towarów i usług nadal pozostaje w takim przypadku neutralny dla podatnika.
