W wyroku z dnia 11 grudnia 2013 r. (II FSK 232/11) NSA rozstrzygnął budzące wątpliwości zagadnienie kwalifikacji podatkowej kosztów sfinansowanych przychodami wolnymi od podatku, które przelane zostały na wspólny rachunek bankowy, na którym znajdowały się także środki pieniężne z działalności opodatkowanej. W rozpatrywanym przez Sad stanie faktycznym otrzymane przez spółkę środki pomocowe były zwolnione od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 48 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Z regulacją tą powiązane jest unormowanie art. 16 ust. 1 pkt 58 tej ustawy, zgodnie z którym nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków i kosztów bezpośrednio sfinansowanych z dochodów (przychodów), o których m.in. mowa w art. 17 ust. 1 pkt 48 ustawy. Nie budzi zatem w ocenie NSA wątpliwości wniosek, że podatnik winien precyzyjnie (odrębnie od innych środków) ewidencjonować przysporzenia uzyskiwane ze zwolnionej od podatku pomocy oraz dokonywane z tych środków wydatki na cele preferowane. W ocenie Sądu w przypadku, gdy podatnik włączył do ogólnego obiegu środków pieniężnych znajdujących się na bieżącym rachunku, z którego finansowała wydatki i koszty bieżącej działalności gospodarczej, przy czym – biorąc pod uwagę, że podatnik ze środków zgromadzonych na tym rachunku finansował zarówno wydatki na bieżącą działalność gospodarczą, jak i tworzenie lokat, nie było i nie jest możliwe ustalenie wysokości kosztów finansowanych z przychodu opodatkowanego czy zwolnionego z opodatkowania. Wpływ środków stanowiących przychód wolny od podatku na wspólny rachunek bankowy oznacza, że środki z różnych rodzajów działalności się „wymieszały”. Skoro więc spółka bezpośrednio finansowała wydatki i koszty ze środków pochodzących ze źródła, z którego dochód podlegał opodatkowaniu (z działalności gospodarczej) oraz ze środków pochodzących ze źródła, z którego dochód był wolny od opodatkowania (środki pomocowe) i jednocześnie nie prowadziła ewidencji pozwalającej ustalić finansowanie wydatków ze środków pomocowych, naruszając tym samym art. 9 ust. 1 ustawy, to uprawnione było proporcjonalne określenie kosztów ze środków pomocowych w ogólnej kwocie kosztów, na podstawie art. 15 ust. 2 ustawy, zgodnie z którym jeżeli podatnik ponosi koszty uzyskania przychodów ze źródeł, z których dochód podlega opodatkowaniu, oraz koszty związane z przychodami z innych źródeł, a nie jest możliwe ustalenie kosztów uzyskania przypadających na poszczególne źródła, koszty te ustala się w takim stosunku, w jakim pozostają przychody z tych źródeł w ogólnej kwocie przychodów.
Powyższy wyrok podkreśla wagę prowadzenia odrębnych rachunków bankowych związanych z otrzymywaniem przychodów wolnych od podatku, jak i – następnie – wydatkowaniem tych środków.
