Zgodnie z art. 89b ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w przypadku nieuregulowania należności wynikającej z faktury dokumentującej dostawę towarów lub świadczenie usług na terytorium kraju w terminie 150 dni od dnia upływu terminu jej płatności określonego w umowie lub na fakturze, dłużnik jest obowiązany do korekty odliczonej kwoty podatku wynikającej z tej faktury, w rozliczeniu za okres, w którym upłynął 150 dzień od dnia upływu terminu płatności określonego w umowie lub na fakturze. W myśl obecnego brzmienia art. 89a ustawy o podatku od towarów i usług podatnik może skorygować podstawę opodatkowania oraz podatek należny z tytułu dostawy towarów lub świadczenia usług na terytorium kraju w przypadku wierzytelności, których nieściągalność została uprawdopodobniona. Korekta dotyczy również podstawy opodatkowania i kwoty podatku przypadającej na część kwoty wierzytelności, której nieściągalność została uprawdopodobniona. Nieściągalność wierzytelności uważa się za uprawdopodobnioną w przypadku, gdy wierzytelność nie została uregulowana lub zbyta w jakiejkolwiek formie w ciągu 150 dni od dnia upływu terminu jej płatności określonego w umowie lub na fakturze. Jednocześnie, zgodnie z art. 89a ust. 2 pkt 3 lit. b ustawy o VAT wierzyciel nie może skorzystać z korekty podatku należnego, jeżeli na dzień poprzedzający dzień złożenia deklaracji podatkowej (w której następuje korekta) dłużnik jest w trakcie postępowania upadłościowego lub w trakcie likwidacji. Czy w sytuacji, w której dłużnik będący spółką prawa handlowego zostanie postawiony w stan upadłości i zarząd nad nim przejmie syndyk a należności spółki nie mogą być uregulowane w zwykłym trybie z uwagi na toczące się postępowanie upadłościowe, syndyk masy upadłości jest zobowiązany do dokonanie korekty podatku naliczonego oraz rozliczenia korygowanej kwoty podatku w deklaracji podatkowej za okres, w którym upłynął 150 dzień od dnia płatności wierzytelności, jeżeli wierzytelności, z których wynika korygowana kwota podatku naliczonego powstały przed datą ogłoszenia upadłości a uprawdopodobnienie ich nieściągalności nastąpiło po 31 grudnia 2012 r.?
Postanowienia art. 89a ust. 1 tej ustawy nie dotyczą podatników – dłużników znajdujących się w upadłości. Syndyk masy upadłości nie ma zatem obowiązku skorygowania odliczonej przez podatnika kwoty podatku w bieżącej deklaracji podatkowej. Przy tym wypełnienie przez Syndyka dyspozycji art. 89b ust. 1 tej ustawy wymagałoby dokonania korekt odliczonych wcześniej kwot podatku w deklaracjach VAT-7 składanych po ogłoszeniu upadłości („bieżących”) i w efekcie także zapłaty należności wynikających z tych korekt w terminach właściwych dla takich deklaracji. Taka zapłata doprowadziłoby do sytuacji, w której zaspokojenie wierzycieli nastąpiłoby poza postępowaniem upadłościowym, co jest niedopuszczalne. Z kolei brak zapłaty faktury skutkowałby obowiązkiem dokonania korekty a skorygowana kwota podatku od towarów i usług podwójnie obciążałaby masę upadłości, pierwszy raz w momencie zgłoszenia jej do masy upadłości przez wierzyciela a po raz drugi w wyniku należności dłużnika wobec urzędu skarbowego w wyniku obowiązku korekty na podstawie 89b ust. 1 tej ustawy. Powyższy pogląd jest zgodny wyrokiem WSA w Warszawie z dnia 16 grudnia 2013 r. (III SA/Wa 1339/13).
