Zgodnie z art. 24a ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, osoby fizyczne, spółki cywilne osób fizycznych, spółki jawne osób fizycznych oraz spółki partnerskie wykonujące działalność gospodarczą, są obowiązane prowadzić podatkową księgę przychodów i rozchodów albo księgi rachunkowe, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający ustalenie dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, w tym za okres sprawozdawczy, a także uwzględniać w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacje niezbędne do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych. Przy tym – jak stanowi art. 24 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych – u podatników, którzy prowadzą księgi rachunkowe, za dochód z działalności gospodarczej uważa się dochód wykazany na podstawie prawidłowo prowadzonych ksiąg, zmniejszony o dochody wolne od podatku i zwiększony o wydatki niestanowiące kosztów uzyskania przychodów, zaliczone uprzednio w ciężar kosztów uzyskania przychodów.

Zdaniem NSA, wyrażonym w wyroku z dnia 17 stycznia 2014 r. (II FSK 392/12), ustalając koszty uzyskania przychodów nie można pomijać zasad dotyczących rozliczeń podatkowych tej grupy podatników, która obowiązana jest do prowadzenia podatkowej księgo przychodów i rozchodów. W takim przypadku ustalenie dochodu następuje w sposób szczególny, tj. na podstawie prawidłowo prowadzonych ksiąg. Określenie w ten sposób dochodu z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej jest możliwe przy założeniu, że podatnik przestrzega zasad związanych z prowadzeniem ksiąg podatkowych. W opinii Sądu podatnik przyjmując za podstawę wpisów do ksiąg faktury, które nie przedstawiają rzeczywistych transakcji narusza zasady rzetelnego prowadzenia ksiąg. Uniemożliwia on w takim przypadku określenie dochodu z uwzględnieniem dowodu, jaki stanowi księga. W takim przypadku dochód szacowany jest przez organy podatkowe, na podstawie art. 24b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.