Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyroku z dnia 30 grudnia 2013 r., sygn. akt VIII SA/Wa 552/13, stwierdził że kontrola zasadności zwrotu sprowadza się nie tylko do sprawdzenia formalnej prawidłowości faktury określającej podatek naliczony i prawidłowości sporządzenia deklaracji podatkowej, ale również dotyczy sprawdzenia zgodności treści faktury z rzeczywistym przebiegiem operacji gospodarczej zarówno po stronie podmiotowej jak i przedmiotowej.
Organ podatkowy przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika w zakresie zasadności tego zwrotu przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej. Naczelnik wskazał, że sprawdzenie poprawności rozliczenia wykazanego zwrotu podatku od towarów i usług nie może ograniczać się jedynie do sprawdzenia dokumentacji posiadanej przez podatnika, ponieważ powinno obejmować także dokumentację wystawców faktur oraz sprawdzenie, czy czynność udokumentowana fakturą miała miejsce w rzeczywistości.
Podatnik nie zgodził się z tym postanowieniem i skierował skargę do WSA. Zdaniem podatnika organ podatkowy naruszył art. 87 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług przedłużając termin dokonania zwrotu pomimo braku powołania się na jakiekolwiek okoliczności dotyczące podatnika, mające znaczenie prawne, które uzasadniałyby przyjęcie, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Zdaniem podatnika przyczyną uzasadniającą potrzebę dodatkowego zweryfikowania zasadności zwrotu z całą pewnością nie mogło zostać potraktowane wszczęcie przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej postępowania kontrolnego. Żaden przepis prawa podatkowego materialnego nie wiąże bowiem z tą sytuacją skutku w postaci odmowy dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 60 dni.
Wojewódzki Sąd Administracyjny orzekł, że podatnik nie miał racji. Sąd zwrócił uwagę na fakt, że ustawa o podatku od towarów i usług przewiduje możliwość przeprowadzenia przed dokonaniem zwrotu tzw. postępowania wyjaśniającego czy też postępowania sprawdzającego. Jest ono wdrażane wówczas, gdy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Przesłanką podjęcia tego postępowania są podejrzenia czy też wątpliwości co do zasadności zwrotu. Art. 87 ust. 2 ustawy nie formułuje przy tym żadnych przesłanek uzasadniających dodatkową weryfikację zasadności wnioskowanego przez podatnika zwrotu podatku i nie ogranicza organu co do możliwości zweryfikowania zasadności zwrotu. W szczególności przepis ten nie nakłada na organ podatkowy obowiązku zwrotu podatku na rachunek podatnika po upływie terminu, jeżeli podjęte przez organ czynności, nie pozwalają na stwierdzenie zasadności zwrotu podatku.
W ocenie sądu organ podatkowy ma prawo weryfikacji złożonej przez stronę deklaracji i kontroli dokumentów źródłowych podatnika jak i jej kontrahentów, co w przypadku podatku naliczonego jest szczególnie istotne. Organ nie ma obowiązku zwrotu podatku tylko dlatego, że został wykazany w deklaracji podatkowej. Ma prawo sprawdzić każdy wykazany w deklaracji podatkowej zwrot podatku. A jak wskazał organ podatkowy, w sprawie nie udało się dotrzeć do kontrahentów podatnika, wystawiających faktury sprzedaży, stanowiące podstawę odliczenia podatku naliczonego. Brak możliwości skontaktowania się z przedstawicielami kontrahentów i dostępu do dokumentacji podatkowej, uniemożliwiał organom podatkowym (kontrolnym) ocenę zasadności zwrotu podatku w terminie żądanym przez podatnika, gdyż kontrola zasadności zwrotu sprowadza się nie tylko do sprawdzenia formalnej prawidłowości faktury określającej podatek naliczony i prawidłowości sporządzenia deklaracji podatkowej, ale również dotyczy sprawdzenia zgodności treści faktury z rzeczywistym przebiegiem operacji gospodarczej zarówno po stronie podmiotowej jak i przedmiotowej.
