W przypadku zwrotu nienależnie pobranego świadczenia, które zwiększało dochód rozliczenie tego zwrotu następuje poprzez odliczenie przez podatnika tej kwoty od dochodu bądź poprzez odjęcie tej kwoty przez płatnika przy określaniu zaliczki na podatek.
W sytuacji dokonania w roku podatkowym zwrotu nienależnie pobieranych świadczeń, które uprzednio zwiększały dochód podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, rozliczenie tego zwrotu następuje więc poprzez zastosowanie jednego z dwóch poniższych rozwiązań.
- art. 26 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, zgodnie z którym podstawę obliczenia podatku, z zastrzeżeniem art. 29-30c, art. 30e i art. 30f, stanowi dochód ustalony zgodnie z art. 9, art. 24 ust. 1, 2, 3b-3e, 4-4e i 6 lub art. 24b ust. 1 i 2, lub art. 25, po odliczeniu kwot dokonanych w roku podatkowym zwrotów nienależnie pobranych świadczeń, które uprzednio zwiększyły dochód podlegający opodatkowaniu, w kwotach uwzględniających pobrany podatek dochodowy, jeżeli zwroty te nie zostały potrącone przez płatnika,
- art. 41b powołanej ustawy, zgodnie z którym, jeżeli podatnik dokonał zwrotu nienależnie pobranych świadczeń, które uprzednio zwiększyły dochód podlegający opodatkowaniu, przy ustalaniu wysokości podatku (zaliczek) płatnicy, o których mowa w art. 31, 33, 35 i 41, odejmują od dochodu kwotę dokonanych zwrotów, łącznie z pobranym podatkiem (zaliczką).
W wydawanych interpretacjach indywidualnych, np. w interpretacji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 17 marca 2014 r. (IPPB2/415-14/14-2/MK1) wskazano: „W przypadku, gdy zwrotu nienależnie pobranego świadczenia dokona pracownik na rzecz pracodawcy w roku podatkowym, w którym nienależne świadczenie zostało pracownikowi wypłacone, płatnik, rozliczy dokonany zwrot stosownie do art. 41b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, który stanowi – jeżeli podatnik dokonał zwrotu nienależnie pobranych świadczeń, które uprzednio zwiększyły dochód podlegający opodatkowaniu, przy ustalaniu wysokości podatku (zaliczek) płatnicy, o których mowa w art. 31, 33, 35 i 41, odejmują od dochodu kwotę dokonanych zwrotów, łącznie z pobranym podatkiem (zaliczką).
Zatem płatnik, któremu pracownik zwróci na skutek różnych okoliczności kwotę przez niego wcześniej wypłaconą, obowiązany jest pomniejszać miesięczny dochód ustalany dla celów obliczenia zaliczki o dokonany przez podatnika zwrot począwszy od miesiąca, w którym on nastąpił. Jeżeli kwota dokonanego w tym miesiącu zwrotu przekracza dochód tego miesiąca, płatnik może o powstałą różnicę pomniejszyć dochód z miesiąca następnego, aż do pełnego pomniejszenia. Przy czym powyższe pomniejszenia mogą być stosowane przez płatnika wyłącznie w tym roku podatkowym, w którym podatnik dokonał zwrotu.
Brak możliwości rozliczania przez płatnika kwoty zwrotów w latach następnych nie oznacza, że powyższa kwota podatnikowi przepada. Oprócz procedury polegającej na odejmowaniu przez płatnika od dochodu kwoty zwróconej przez podatnika ustawodawca wprowadził procedury dokonywania takich odliczeń przez podatnika.
Zatem w sytuacji, gdy płatnik nie może dokonać – na podstawie art. 41b ww. ustawy – potrącenia kwoty nienależnie pobranego świadczenia, a podatnik dokona takiego zwrotu poprzez wpłatę dla płatnika z własnych środków – będzie mu wtedy przysługiwało, wynikające z art. 26 ust. 1 pkt 5 ww. ustawy prawo do pomniejszenia dochodu przed opodatkowaniem o kwotę dokonanego na rzecz płatnika zwrotu nienależnie pobranego świadczenia.
W takim przypadku, zgodnie z regulacją zawartą w art. 26 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2009 r. (tj. w okresie kiedy Wnioskodawca dokonywał zwrotu ww. świadczeń) podstawę obliczenia podatku, z zastrzeżeniem art. 24 ust. 3, art. 29 – 30c oraz art. 30e, stanowi dochód ustalony zgodnie z art. 9, art. 24 ust. 1, 2, 4, 4a-4e, ust. 6 lub art. 24b ust. 1 i 2, lub art. 25, po odliczeniu kwot dokonanych w roku podatkowym zwrotów nienależnie pobranych świadczeń, które uprzednio zwiększyły dochód podlegający opodatkowaniu, w kwotach uwzględniających pobrany podatek dochodowy, jeżeli zwroty te nie zostały potrącone przez płatnika.”
