Głęboka przebudowa art. 86 ustawy o podatku od towarów i usług dotyczy również faktur korygujących: zgodnie z ust. 19a odliczenia z tych faktur następują za okres rozliczeniowy ich otrzymania, jeżeli dotyczą one:
- rabatów pofakturowych,
- zwrotów towarów i opodatkowanych zaliczek,
- pomyłek in plus co do ceny, podstawy opodatkowania i wartości dostawy (świadczenia usług).
Czyli faktury te zmniejszają potencjalnie podatek naliczony: ich uwzględnienie w rejestrze zakupu następuje wyłącznie za okres rozliczeniowy, w którym podatnik otrzymał ten dokument. Nie ma tu zastosowania ust. 11 tego artykułu, który zezwala na odliczenie również w dwóch kolejnych okresach rozliczeniowych.
Co w przypadku faktur korygujących in plus? Wobec braku przepisu szczególnego ma tu zastosowanie ust. 13 w związku z ust. 10 tego artykułu, który nakazuje, że odliczenie musi nastąpić za okres rozliczeniowy, w którym podatnik nabył prawo do odliczenia, czyli za miesiąc (kwartał), w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu dostawy towaru (świadczenia usługi). Odliczenie następuje poprzez korektę deklaracji, jeżeli podatnik otrzymał fakturę korygującą po upływie drugiego okresu, określonego w ust. 11 tego artykułu.
Zdanie drugie cytowanego na wstępie ust. 19a art. 86 tej ustawy wprowadza tu również szczególną zasadę, że gdy podatnik który otrzymał fakturę korygującą in minus, nie dokonał odliczenia z tejże faktury, dokonuje odliczenia tejże faktury z uwzględnieniem faktury korygującej za okres rozliczeniowy otrzymania tej ostatniej.
Istotą różnicy między dotychczasowym a obecnym stanem prawnym jest odliczenie faktur korygujących in plus: do końca 2013 r. odliczano je zgodnie z zasadą ogólną – okresem ich otrzymania. Obecnie z reguły będzie tu mieć zastosowanie ust. 13, który nakazuje „wrócić” do okresu rozliczeniowego wynikającego z ust. 10 tego artykułu. Zapewnia to zgodność między prezentacją podatku należnego z tego tytułu, który również w wyniku wystawienia faktur korygujących będzie uwzględniany poprzez korektę deklaracji okresu, gdy powstał obowiązek podatkowy.
