Zgodnie z ogólną zasadą określoną w art. 15 ust. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonywane wyłącznie zgodnie z przepisami art. 16a-16m, z uwzględnieniem art. 16 tejże ustawy.
W myśl art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych dokonywanych, według zasad określonych w art. 16a-16m, od tej części ich wartości, która odpowiada poniesionym wydatkom na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie tych środków lub wartości niematerialnych i prawnych, odliczonym od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym albo zwróconym podatnikowi w jakiejkolwiek formie.
Nie są więc kosztem odpisy amortyzacyjne od tych środków trwałych, na nabycie (ulepszenie) których wydatki zwrócono beneficjentowi-podatnikowi.
Z definicji „wartości początkowej” zawartej w art. 16g ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie wynika, aby fakt otrzymania zwrotu części poniesionych przez podatnika kosztów inwestycji powodował obowiązek korekty wartości początkowej albo kwoty odpisów amortyzacyjnych wykazanych w ewidencji środków trwałych czy okresu dokonywania odpisów amortyzacyjnych określonych w art. 16h tejże ustawy. Z powołanych przepisów wynika natomiast, że za wartość początkową środka trwałego przyjmuje się sumę poniesionych wydatków na jego nabycie nie pomniejszoną o otrzymany zwrot części wydatków na jego nabycie. Zatem w momencie otrzymania zwrotu części wydatków na nabycie środka trwałego (ulepszenie), nie należy zmieniać wartości początkowej, wysokości stawek amortyzacyjnych i zastosowanej metody amortyzacji. Dokonane przed dniem otrzymania zwrotu wydatków odpisy amortyzacyjne nie podlegają korekcie. Od momentu otrzymania zwrotu wydatków (dofinansowania) kwotę odpisów amortyzacyjnych niestanowiących kosztów uzyskania przychodów należy ustalić w takiej proporcji, w jakiej pozostaje kwota otrzymanego zwrotu wydatków do wartości początkowej tego środka trwałego.
Ponadto użyte sformułowanie „zwrócone podatnikowi wydatki” w art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o podatku dochodowym sugeruje, że przepis ten ma zastosowanie jedynie do tych dotacji (dofinansowań), które już zostały otrzymane, nie ma natomiast zastosowania do dotacji należnych, spodziewanych. W konsekwencji po zakupie środka trwałego (ulepszeniu) może być amortyzowany od pełnej jego wartości początkowej, nawet jeśli podatnik spodziewa się, że otrzyma dotację (dofinansowanie) na zakup środka trwałego.
Należy mieć na uwadze interpretacje organów podatkowych, w których prezentowane jest stanowisko, że korekty kosztów w postaci odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych sfinansowanych środkami pochodzącym z dotacji, zaliczanych do kosztów uzyskania przychodów, nie dokonuje się jednorazowo w miesiącu otrzymania dotacji. Podatnik zobowiązany jest dokonać korekty wspomnianych kosztów w tych miesiącach (okresach), w których wykazał je w wysokości zawyżonej( interpretacja indywidualna z 13 maja 2013 r., nr IPTPB1/415-80/13-4/KO wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi).
Jednakże pogląd ten kwestionują sądy administracyjne. WSA we Wrocławiu w wyroku z 13 kwietnia 2012 r., stwierdził, że otrzymanie dotacji, stanowiącej zwrot wydatków na nabycie środka trwałego, powoduje obowiązek dokonania korekty części dotychczasowych odpisów amortyzacyjnych, lecz korekty tej należy dokonać w miesiącu otrzymania tych środków poprzez bieżące zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów. Nie jest zatem konieczne wsteczne korygowanie kosztów. W uzasadnieniu sąd wskazuje: „Jeżeli (…) zwrot wydatków na nabycie lub wytworzenie środka trwałego powoduje wyłączenie z kosztów przychodów odpowiedniej części odpisów amortyzacyjnych, to skutek w postaci obowiązku wyłączenia (korekty kosztów) powstaje z chwilą zwrotu wydatków (w rozliczeniu za okres, w którym zwrot wydatków został otrzymany). Bez tego (zwrotu) podatnik nie miał i nie ma obowiązku zmniejszenia kosztów z tytułu amortyzacji. Należy zwrócić uwagę, że akceptacja stanowiska organu interpretującego prowadziłaby do sytuacji, że spółka korygując wstecz koszty z tytułu amortyzacji, doprowadziłaby do powstania zaległości podatkowych i odsetek od tych zaległości, tak jakby koszty przychodu w poszczególnych okresach były ustalane nieprawidłowo (niezgodnie z prawem). Wniosek taki jest nie do zaakceptowania”. Podobnie orzekł WSA w Gliwicach w wyroku z dnia 13 listopada 2013 r., sygn. I SA/Gl 322/13, WSA w Kielcach z dnia 18 lipca 2013 r., sygn. I SA/Ke 385/13 oraz WSA w Lublinie z dnia 7 listopada 2012 r., sygn. I SA/Lu 640/12.
Zatem dopiero po otrzymaniu dotacji (w postaci zwrotu części wydatków na nabycie środka trwałego, przebudowę, modernizację) należy wyłączyć z kosztów na bieżąco a nie wstecz odpowiednią część odpisów amortyzacyjnych.
