Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług opodatkowaniu tym podatkiem podlega odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług dokonane na terytorium kraju. Z kolei zgodnie z art. 7 ust. 1 tej ustawy przez dostawę towarów rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel. Natomiast przez świadczenie usług na mocy art. 8 ust. 1 rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej mniemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów. Mając na uwadze powyższe przepisy należy uznać, że zarówno sama emisja obligacji jak i ich wydanie obligatariuszowi nie stanowi dostawy towarów. Obligacje nie stanowią towaru w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług (są papierami wartościowymi o charakterze majątkowym). Czynność ta nie może być również kwalifikowana jako świadczenie usług przez emitenta w sytuacji, gdy obrót papierami wartościowymi nie jest przedmiotem działalności podatnika.
Zgodnie z nową linią interpretacyjną organów podatkowych czynność nabycia obligacji, w związku z którymi przysługuje wynagrodzenie w postaci odsetek, stanowi odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, korzystające ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 41 ustawy o podatku od towarów i usług. Przedmiotowe usługi nie zostały wymienione w katalogu wyłączeń ze zwolnienia wymienionych w art. 43 ust. 15 tej ustawy. Organy podatkowe uzasadniają swoje stanowisko faktem, że z punktu widzenia emitenta emisja obligacji stanowi alternatywną do kredytu lub pożyczki formę pozyskiwania kapitału w celu finansowania działalności. Dla obligatariusza nabycie obligacji jest formą finansowania emitenta, zbliżoną ekonomicznie do udzielenia finansowania w formie kredytu lub pożyczki. Obligatariusz pełni więc funkcję pożyczkodawcy, emitent zaś jest pożyczkobiorcą. W zamian za udzielenie finansowania obligatariusz uzyskuje wynagrodzenie w postaci odsetek od obligacji. Zatem w świetle interpretacji organów podatkowych usługa świadczona na rzecz emitenta obligacji polega na czasowym udostępnieniu środków finansowych w zamian za wynagrodzenie w postaci odsetek. Zatem obligatariusz pełni rolę pożyczkodawcy świadczącego na rzecz emitenta za wynagrodzeniem usługę finansową.
Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 41 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. zwolnione od opodatkowania są usługi, których przedmiotem są instrumenty finansowe, o których mowa w ustawie z dnia 29 lipca 2005 r. o obrocie instrumentami finansowymi, z wyłączeniem przechowywania tych instrumentów i zarządzania nimi oraz usługi pośrednictwa w tym zakresie. Definicja instrumentów finansowych zawarta jest w art. 2 ust. 1 tej ustawy. Obligacje zgodnie z art. 3 pkt 1 lit. a) są papierami wartościowymi, zatem mieszczą się w pojęciu instrumentów finansowych. Zatem w przypadku nabycia obligacji obowiązek podatkowy powstanie z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty z tego tytułu (odsetki). Jednocześnie należy wskazać, że w tym przypadku, zgodnie z art. 106b ust.2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. podatnik nie jest obowiązana do wystawienia faktury; ma natomiast obowiązek wystawienia faktury na żądanie nabywcy.
