Otrzymanie pożyczki przez podatnika VAT od podatnika VAT może wiązać się z obowiązkiem zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych.
Zgodnie z art. 9 pkt 10 lit. 1) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, zwalnia się od podatku pożyczki udzielane przez wspólnika (akcjonariusza) spółce kapitałowej. Inną podstawą braku obowiązku zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych jest art. 2 pkt 4 lit. b tej ustawy, zgodnie z którym nie podlegają podatki czynności cywilnoprawne, inne niż umowa spółki i jej zmiany, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest zwolniona z podatku od towarów i usług, z wyjątkiem umów sprzedaży i zamiany, których przedmiotem jest nieruchomość lub jej część, albo prawo użytkowania wieczystego, spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu, prawo do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej lub prawo do miejsca postojowego w garażu wielostanowiskowym lub udział w tych prawach, umowy sprzedaży udziałów i akcji w spółkach handlowych.
Z powyższego wynika, że każda pożyczka udzielona między przedsiębiorcami powinna być uznana – dla celów podatku od towarów i usług – za świadczenie usług. Nie oznacza to jednak, że od tej czynności należy wykazać kwotę podatku należnego. Jak bowiem wynika z art. 43 ust. 1 pkt 38 ustawy, zwolnione z tego podatku są m.in. usługi udzielania kredytów lub pożyczek pieniężnych.
Należy jednak wskazać na pogląd odmienny. Odmienne stanowisko od prezentowanego powyżej zajął NSA w wyroku z dnia 30 maja 2012 r., sygn. akt II FSK 2276/10, w którym stwierdził, że: „(…) przedmiotowa umowa pożyczki pieniężnej miała wyłącznie charakter okazjonalny, nie nosiła cech systematyczności, nie była też zorganizowaną i świadczoną w sposób ciągły usługą pośrednictwa finansowego, korzystającą na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT z omawianego zwolnienia z podatku VAT (obecnie art. 43 ust. 1 pkt 38 ustawy o VAT (…)”. Zdaniem NSA oceny tej nie podważa fakt, że pożyczki tej udzielił podmiot gospodarczy, który finansował tę czynność ze środków wykorzystywanych w działalności gospodarczej. Odwołując się do art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. Sąd uznał, że uwzględnić także należało zamiar wykonywania działalności polegającej na udzielaniu pożyczek w sposób częstotliwy. Działalność faktyczna spółki – pożyczkodawcy, ani też przedmiot jej działalności, wpisany do KRS – w ocenie NSA nie nosiły powyższej cechy, o której mowa w art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r.