Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem natomiast jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku, która obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Przy tym ustawodawca nie definiuje co należy rozumieć pod pojęciem „całość świadczenia należnego”, jednakże warto w tym miejscu odnieść się do art. 78 Dyrektywy 112, który wskazuje elementy podstawy opodatkowania: podatki, cła, opłaty i inne należności, z wyjątkiem samego VAT; koszty dodatkowe, takie jak koszty prowizji, opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dostawcę lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy. Ponadto, zgodnie z art. 31 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania WNT jest kwota, jaką nabywający jest obowiązany zapłacić. W myśl art. 31 ust. 2 pkt 2 podstawa ta obejmuje m.in. koszty transportu oraz ubezpieczenia. Co prawda przepis ten dotyczy WNT, jednakże znajduje odpowiednie zastosowanie w przypadku WDT. Jeżeli bowiem dla podmiotów dokonujących wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów koszty transportu oraz ubezpieczenia stanowią podstawę opodatkowania przy WNT, per analogiam powinny one stanowić podstawę opodatkowania przy WDT.
Wobec powyższego należy stwierdzić, że usługa transportowa jest świadczeniem powiększającym podstawę opodatkowania dostawy wewnątrzwspólnotowej. Stąd też koszty transportu związane z WDT trzeba traktować jako element świadczenia zasadniczego, a więc: wliczyć do podstawy opodatkowania WDT. Powyższe stanowisko potwierdzają organy podatkowe, np.: Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z dnia 14 lutego 2012 r. (sygn. ITTP2/443-1662/11/MD) oraz Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z dnia 13 czerwca 2011 r. (sygn. ILPP4/443-246/11-4/ISN).
Podsumowując, czynność transportu (koszt dostawy wraz z usługą ubezpieczenia) wchodzi do podstawy opodatkowania WDT i powinna być opodatkowana według stawki 0%.
