Kosztem uzyskania przychodu w przypadku wniesienia w formie aportu środka trwałego nabytego uprzednio w formie aportu będzie różnica pomiędzy wartością początkową środka trwałego a dokonaną przed wniesieniem wkładu sumą dokonanych odpisów amortyzacyjnych.
Zgodnie z art. 15 ust. 1j pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w przypadku objęcia udziałów (akcji) w spółce albo wkładów w spółdzielni w zamian za wkład niepieniężny w innej postaci niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część – na dzień objęcia tych udziałów (akcji) albo wkładów w spółdzielni – ustala się koszt uzyskania przychodu, o którym mowa w art. 12 ust. 1 pkt 7 albo 7a, w wysokości wartości początkowej przedmiotu wkładu, zaktualizowanej zgodnie z odrębnymi przepisami, pomniejszonej o dokonaną przed wniesieniem tego wkładu sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 16h ust. 1 pkt 1, jeżeli przedmiotem wkładu niepieniężnego są środki trwałe lub wartości niematerialne i prawne.
Z powyższego wynika, że kosztem uzyskania przychodu będzie kwota stanowiąca różnicę pomiędzy wartością początkową środków trwałych a dokonaną przed wniesieniem wkładu niepieniężnego sumą dokonanych odpisów amortyzacyjnych.
Bez znaczenie w tym przypadku byłby fakt, że część wartości początkowej nabytych w formie aportu środków trwałych odpowiadałaby wartości przekazanej nie na podwyższenie kapitału zakładowego, a na podwyższenie kapitału zapasowego (bądź rezerwowego). Pogląd taki wyrażany jest przez organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych. Przykładowo w interpretacji indywidualnej z dnia 30 marca 2012 r. (IPPB3/423-1110/11-2/PK1) Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie uznał stanowisko wnioskodawcy za prawidłowe: „Jak zostało wspomniane, kosztem uzyskania przychodu z tytułu objęcia udziałów/akcji w zamian za wkład niepieniężny w postaci innej niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część jest zgodnie z art. 15 ust. 1j pkt 1 ustawy o PDOP, wartość początkowa wkładu zaktualizowana zgodnie z odrębnymi przepisami, pomniejszona o dokonane przez Spółkę kapitałową I odpisy amortyzacyjne. Zdaniem Wnioskodawcy, przepis ten należy zastosować w przypadku każdego środka trwałego/wartości niematerialnej i prawnej, uprzednio otrzymanych jako wkład niepieniężny (inny niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część) i następnie wniesionych jako wkład niepieniężny (inny niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część) – niezależnie od tego, czy Spółka kapitałowa otrzyma przedmiot wkładu w taki sposób, że w całości zostanie on przeznaczony na kapitał zakładowy, czy też przedmiot wkładu zostanie w części przeznaczony na kapitał zakładowy, a w części na kapitał zapasowy (z wykorzystaniem mechanizmu agio).
Podsumowując, zdaniem Wnioskodawcy w przypadku gdyby doszło do powstania przychodu z tytułu wniesienia przez Spółkę kapitałową 1 aportu do Spółki kapitałowej 2 w postaci Nieruchomości, taki przychód powinien zostać pomniejszony o koszt uzyskania przychodu, odpowiadający wartości początkowej przedmiotu wkładu (wartość ustalona na dzień wniesienia przez udziałowca wkładu niepieniężnego, nie wyższa jednak od wartości rynkowej przedmiotu) pomniejszony o dokonaną przed wniesieniem tego wkładu sumę odpisów amortyzacyjnych.
Na potwierdzenie wyżej przedstawionej argumentacji, Wnioskodawca przywołuje stanowisko tutejszego organu podatkowego, który w interpretacji indywidualnej prawa podatkowego zajął stanowisko analogiczne do prezentowanego przez Wnioskodawcę: interpretacja Dyrektora izby Skarbowej w Warszawie z dnia 17 lutego 2009 roku sygn. IPPB3/423-1621/08-2/JG. Podobny pogląd wyraził również Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji z dnia 4 lutego 2011 r. (sygn. ILPB4/423-289/10-2/ŁM).”
źródło: Instytut Studiów Podatkowych