Autokontrola stosowana przez organ podatkowy nie zwalnia go jednak z obowiązku zwrotu stronie (podatnikowi) kosztów postępowania. Zgodnie bowiem z art. 201 § 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi zwrot kosztów przysługuje skarżącemu od organu również w razie uwzględnienia skargi w trybie art. 54 § 3 tej ustawy.
Zgodnie z art. 54 § 3 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi organ, którego działanie lub bezczynność zaskarżono, może w zakresie swojej właściwości uwzględnić skargę w całości do dnia rozpoczęcia rozprawy. Zgodnie natomiast z art. 53 § 2 tej ustawy W przypadku skargi na bezczynność skargę wnosi się w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia odpowiedzi organu na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, a jeżeli organ nie udzielił odpowiedzi na wezwanie, w terminie sześćdziesięciu dni od dnia wniesienia wezwania o usunięcie naruszenia prawa. Natomiast art. 52 § 3 dotyczy skarg na akty lub czynności, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 i 4a tej ustawy. Z tym przepisem koresponduje również art. 3 § 2 pkt 8 tej ustawy, zgodnie z którym „kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadkach określonych w pkt 1–4 lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadku określonym w pkt 4a”.
Zatem co w przypadku, w którym strona (podatnik) zechce zaskarżyć decyzję podatkową powołując się na przepisy dotyczące bezczynności prowadzenia postępowania i w związku z tym poniesie koszty postępowania, w szczególności koszty wpisu, koszty wynagrodzenia pełnomocnika oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa, a organ podatkowy zgodnie z jego prawem zawartym w art. 54 § 3 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, czyli uwzględni skargę? Zgodnie z ustawą takie uwzględnienie skargi przez organ powoduje, że dalsze postępowanie sądowe staje się bezprzedmiotowe. W związku z powyższym Wojewódzki Sąd Administracyjny zgodnie z art. 161 § 1 pkt 3 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, wydaje postanowienie o umorzeniu postępowania, gdy stało się ono bezprzedmiotowe z przyczyn innych, niż te wskazane w pkt 1 i 2 tego paragrafu (§ 3). W związku z powyższym do okoliczności uzasadniających umorzenie postępowania na podstawie powyższego przepisu należy bez wątpienia uwzględnienie skargi przez organ w trybie art. 54 § 3 tej ustawy (tzw. autokontrola). Efektem zastosowania tego przepisu jest bowiem wyeliminowanie z obrotu prawnego zaskarżonego aktu lub czynności, co czyni zbędnym dalsze procedowanie w sprawie.
Autokontrola stosowana przez organ podatkowy nie zwalnia go jednak z obowiązku zwrotu stronie (podatnikowi) kosztów postępowania. Zgodnie bowiem z art. 201 § 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi zwrot kosztów przysługuje skarżącemu od organu również w razie uwzględnienia skargi w trybie art. 54 § 3 tej ustawy. W związku z powyższym zgodnie z art. 205 § 2 tej ustawy do kosztów postępowania należy zaliczyć kwotę uiszczoną tytułem wpisu sądowego określonego zgodnie z § 1 pkt 4 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 16 grudnia 2003 r. w sprawie wysokości oraz szczegółowych zasad pobierania wpisu w postępowaniu przed sądami administracyjnymi, koszty wynagrodzenia radcy prawnego oraz inne udokumentowane wydatki pełnomocnika takie jak opłata skarbowa od pełnomocnictwa w wysokości 17 zł.
